《通知》從政策制度安排、申請流程、會計核算和監督等方面明確了規范要求，主要體現“三個明確”和“三個規范”。

“三個明確”是指:一是明確政策內涵。預付金是醫保部門預付給定點醫療機構用于藥品和醫用耗材采購等醫療費用的周轉資金，不得用于醫療機構基礎建設投入、日常運行、償還債務等非醫療費用支出。藥品和醫用耗材集中帶量采購醫保基金專項預付按原規定執行。二是明確撥付條件。基金安全是實施預付工作的基本前提，應堅持盡力而為、量力而行的原則。原則上按照統籌地區醫保統籌基金累計結余和醫保基金運行風險等級作為撥付預付金的條件和標準。三是明確支出標準。核定標準原則上以前一至三年相關醫療保險基金月平均支出額為基數，合理確定預付金的基礎規模，預付規模應在1個月左右。

“三個規范”是指:一是規范流程管理。符合條件的定點醫療機構于每年度1月上旬自愿向統籌地區醫保部門申請預付金。醫保部門審核后商財政部門確定預付醫療機構范圍及預付金規模，原則上于每年第一季度結束前按規定向定點醫療機構撥付預付金。預付金實行按年度核定，年底前醫保部門要與定點醫療機構做好對賬核算工作，通過交回支出戶或沖抵結算金額的方式予以收回。二是規范會計核算。醫保部門和定點醫療機構應定期做好醫保預付金對賬工作，醫保部門應做好預付金撥付、清算、核銷的會計核算工作。定點醫療機構除按要求做好會計核算外，還應當單獨設置臺賬管理，嚴格資金使用審批、支出程序，嚴禁借出或挪作他用。三是規范資金監督。醫保部門要將醫保預付金納入服務協議，細化相關條款。同時，明確醫保部門收回預付金的情形，對無法收回的，停止向定點醫療機構撥付醫保結算費用并申請進入司法程序，保證醫保基金安全。